関東ゴルフ会員権取引業協同組合は、組織を設置して運営をおこなっています。運営組織は総会を中心に構成されていて、総会の下に理事会が置かれています。資格審査部や総合企画部も、総会の下に置かれている組織です。この他に、監事も総会の運営を手助けしています。

関東ゴルフ会員権取引業協同組合で業務をおこなうために設置されているのはスタッフ部門です。スタッフ部門は主に理事会を補助するために仕事をしています。関東ゴルフ会員権取引業協同組合にはライン部門も設置されていて、通常の業務が担当です。2つの部会と6つの委員会で、関東ゴルフ会員権取引業協同組合は業務をおこなっています。

2つの部会は、理事会から指揮を受けながら、組合のための仕事をしています。部会でおこなわれている仕事の一つは、指定された事項について研究や調査をすることです。このような仕事を部会が担当する目的は、理事会が組合の運営をスムーズにできるようにするためです。関東ゴルフ会員権取引業協同組合の6つの委員会は、それぞれ担当している役割に違いがあります。

広報を担当している広報委員会や、総務をおこなう総務委員会があります。財務の仕事を専門にしているのは、財務委員会です。取引委員会や渉外委員会もそれぞれの担当する仕事をおこなっています。組合に設置されているもう一つの委員会は、気配・相場表委員会です。

これらの委員会も、理事会の指揮を受けながら活動しています。